Компания "ИНФОСОФТ" начала разработку корпоративной информационной системы в 1996 году с использованием инструментального пакета Gupta (позднее – Centura Team Developer компании Centura).

В 1996 и 1997 годах определялась методология разработки, моделировалась структура данных, создавались библиотеки системных функций.

В 1998 году были выпущены первые модули корпоративной системы - "Управление персоналом" и "Управление запасами".
Интенсивное развитие корпоративной системы началось во второй половине 1998 года.

В январе 1999 года
корпоративная информационная система компании «ИНФОСОФТ» признана победителем конкурса российских разработок на инструментальных средствах Centura. Конкурс проводился компанией Centura Software.

В сентябре 1999 года
корпоративная система компании "ИНФОСОФТ" зарегистрирована под торговой маркой "Флагман".

В феврале 2001 года
по результатам конкурса «БизнесСофт'2001» система "Флагман" сертифицирована в качестве тиражируемой комплексной системы автоматизации управления.

В 2003 году корпоративная информационная система "Флагман" официально зарегистрирована в качестве программы для ЭВМ в Российском агентстве по патентам и товарным знакам (РОСПАТЕНТ).

Свидетельство  № 2003612584
Выдано:  27 ноября 2003 г.
Правообладатель:  ЗАО ИНФОСОФТ (RU).

По состоянию на начало 2007 года система "Флагман" используется на более чем 600 крупных и средних предприятиях России и СНГ.

Предприятия: Печорская ГРЭС,  ПГ «Фосфорит»(Кингисепп),  Аэропорт «Толмачево» (Новосибирск),  Транссибнефть (Омск, Новосибирск, Красноярск, Иркутск),  ФГУП «КОМЕТА» (Москва),  корпорация «Тактическое ракетное вооружение» (Королев, Моск.обл.),  Алма-атинский маргариновый завод,  Владимирский химический завод,  ВГУЭиС (Владивосток),  Разрез Нерюнгринский (ГУП Якутуголь),  Уфимский хлебокомбинат 1,  Московский монетный двор Госзнака,  ОАО «Киевгума» и др.