Документооборот КИС "Флагман" обеспечивает сквозное обслуживание всех программных модулей информационной системы предприятия и включает в себя полный набор функций, характерных для систем электронного документооборота: оформление, утверждение, перемещение, обработка, хранение, регистрация, классификация, поиск документов по произвольным реквизитам. Документооборот является механизмом интеграции всех бизнес-процессов, обслуживаемых КИС "Флагман".

В состав документооборота включаются как первичные документы, формируемые в интерактивном режиме пользователями системы, так и выходные документы, получаемые в результате выполнения программными модулями определенных алгоритмов обработки данных информационной системы. При этом выходные документы одних модулей и задач могут являться входными (первичными) документами для других программных модулей и задач. На основе одного документа могут выполняться алгоритмы обработки данных в разных программных модулях.

В системе не существует жестко определенного перечня первичных и выходных документов. Состав документов, поставляемых разработчиком, может дополняться новыми документами, а их формы модифицироваться пользователем при настройке системы с помощью инструментальных средств, включаемых в каждый программный модуль.

В системе обеспечивается настройка форм ввода данных и макетов печати, настройка формул расчета и контроля показателей, настройка маршрутов движения документов и списков рассылки. Определяется перечень возможных состояний и операций по документам, связь между документами, устанавливаются права доступа к документам, контроль выполнения операций по документам.

Первичные документы могут распечатываться по настроенному формату, сохраняться в базе данных, передаваться по e-mail, отражать факты совершения хозяйственных операций в учетных регистрах. Это позволяет комплексно решать задачи управления производственными и деловыми процессами, обеспечивать ведение управленческого, бухгалтерского и налогового учета.
Средства документооборота КИС "Флагман" могут использоваться для реализации схем взаимодействия (интерфейса) с внешними приложениями.

Электронный документооборот КИС "Флагман" является составной частью каждого программного модуля информационной системы. В то же время может поставляться в виде самостоятельного модуля "Документооборот", который кроме базовых функций, включает ряд дополнительных, расширяющих функциональность делопроизводства и обеспечивающих решение задач контроля исполнения.

Основное предназначение модуля "Документооборот" - это регистрация, хранение и обработка электронных документов и учётных карточек бумажных документов, а также организация работы пользователей с документами. Помимо учётных карточек документов в базе данных хранятся электронные образцы документов, полученные, например, сканированием или поступившие по электронной почте.

Имеется возможность автоматической регистрации документов, полученных по электронной почте и отправки по электронной почте документов, подготовленных в КИС "Флагман".

Документооборот КИС "Флагман" включает функции систем класса Docflow (электронный документооборот) и Workflow (автоматизация деловых процессов).
В Документообороте обеспечивается маршрутизация и контроль исполнения документов.

Эффективно следить за исполнением документов позволяют следующие функции:

Важнейшее конкурентное преимущество документооборота КИС "Флагман" по сравнению с аналогами состоит в том, что действует он не изолированно, а в единой информационной среде ERP/MES - системы.