Все программные модули КИС "Флагман" включают в свой состав инструментальные средства настройки и администрирования системы: это функции настройки финансовой и организационной структуры предприятия, ведения нормативно-справочной информации, разграничения прав доступа, организации пользовательского интерфейса. Набор пользовательских инструментальных средств КИС "Флагман", включенный в каждый программный модуль, обеспечивает возможность настройки, модификации и наращивания функциональных возможностей системы без участия разработчика.

К пользовательским инструментальным средствам относятся: встроенный язык программирования SALUTE, средство прямого интерактивного администрирования сервера БД (SQL Консоль), Генератор отчетов, инструментальное средство взаимодействия с внешними приложениями (в том числе, с приложениями других разработчиков).

Наличие мощных инструментальных средств позволяет полностью адаптировать систему под конкретные требования: интерфейс, документы, отчеты, алгоритмы, журналы, справочники, аналитические разрезы могут быть отредактированы или созданы заново под бизнес-логику предприятия.

Универсальный генератор отчетов, доступный из любого программного модуля, позволяет получать любые данные с сервера в произвольном формате.

Отчеты, выходные документы системы, призваны представлять в удобной, доступной и информативной форме накопленные данные. Эти данные перед выводом в выходные документы могут быть обработаны по заданным алгоритмам. Кроме того, отчеты могут формировать первичные документы, предназначенные для дальнейшей обработки.
Правила работы с генератором отчетов не зависят от структуры БД, подсистемы и выбранного сервера БД. Конечный пользователь может взять стандартные отчеты, входящие в поставку, и, если надо, изменить их с учетом своих требований. Он также может создавать свои, пользовательские отчеты.
Каждый отчет описывается SQL-запросом или группой связанных SQL-запросов. Первичной информацией для выполнения отчета служат входные параметры отчета. На выходе формируется результирующее множество данных.

Результат выполнения отчета может быть отображен на экране, распечатан на принтере, передан в файл (форматы *.RTF, *.TXT) в соответствии с заранее настроенным макетом или выгружен в Excel. Макеты отображения и печати могут разрабатываться как в формате Centura Report Builder, так и в формате Crystal Reports. Результаты выполнения отчетов могут храниться в базе данных в виде блоков данных. Пользователь может выгрузить данные через ODBC в DBF-формат и другие форматы данных. Возможно формирование XML и HTML документов.

При создании отчета используется встроенный язык SALUTE. Для быстрого создания отчета и упрощения работы пользователь может обратиться к мастеру построения отчетов. Ручную настройку отчета рекомендуется производить квалифицированному пользователю, имеющему базовые знания языка SQL и опыт настройки отчетов.

Встроенный язык программирования SALUTE (scalable application language - unified translator extension), расширяет возможности функциональной настройки КИС "Флагман". Применяется при разработке отчетов, настройке первичных документов, алгоритмов обмена данными с внешними источниками (ODBC, прямой экспорт данных в файловую систему и т.д.), при разработке внутренних алгоритмов системы, для взаимодействия с внешними устройствами.

Язык SALUTE является событийно- и объектно-ориентированным, поддерживает возможность написания исходного текста программы на русском и английском языках. Он основан на интерпретаторе команд, поставляемом корпорацией Centura Software Corporation и позволяет использовать не только функции, встроенные в КИС "Флагман", но и функции языка SAL. Обеспечивается доступ к функциям внешних DLL-библиотек и к объектам ActiveX.
Встроенный язык имеет развитую систему сообщений об ошибках, что облегчает их обнаружение и устранение. Ядро языка SALUTE написано с использованием языков C++ и SAL, обеспечивающих высокую скорость выполнения транслированного кода. Использование языка программирования SALUTE позволяет ИТ-специалистам предприятия максимально гибко настраивать работу приложений без участия разработчика системы.

Модули системы "Флагман" оснащены средством SQL Консоль для интерактивного доступа к серверу БД. Это средство универсально по отношению к любому из допустимых серверов БД, с его помощью можно выполнять любые SQL-команды, поддерживаемые сервером, и просматривать результаты их выполнения.

SQL Консоль - универсальный инструмент, позволяющий в интерактивном режиме решать задачи, связанные с администрированием баз данных, работающих под управлением SQL-серверов, поддерживаемых корпоративной информационной системой "Флагман". Этот инструмент предоставляет администратору информационных систем унифицированный интерфейс для управления различными базами данных.

SQL Консоль делает прозрачным доступ к командам и установкам используемого SQL-сервера и дополняет их набором команд и установок, разработанным специально для администраторов системы "Флагман".

Встроенное средство взаимодействия КИС "Флагман" с внешними приложениями предназначено для информационного обмена данными с другими системами, в том числе с DOS-программами "Интегратор" и "Учет заработной платы" компании ИНФОСОФТ. С помощью средства взаимодействия с внешними источниками возможно выполнять импорт данных произвольных форматов в КИС "Флагман".

Средство взаимодействия с внешними приложениями позволяет осуществить произвольную выборку из различных источников данных и, используя предварительно настроенные схемы взаимодействия, внедрить их в базу данных системы "Флагман". При этом отслеживается соответствие типов и в некоторых случаях их преобразование, а также обработка данных на соответствие ключевым атрибутам. Пользователю предоставляется возможность контролировать процесс и управлять обменом данными, напрямую вмешиваясь в работу встроенного средства при возникновении конфликтных ситуаций.

Загрузка данных может осуществляться как в одиночном, так и в пакетном режимах. По окончании процесса выводится, по запросу, протокол загрузки.

Настройке всех программных модулей КИС "Флагман" обычно предшествует настройка финансовой и организационной структуры предприятия. Выполняется это средствами администрирования, включенными в каждый из программных модулей системы и в отдельно поставляемый программный модуль "Администрирование".

Под финансовой структурой в КИС "Флагман" понимается объединение по финансовому признаку нескольких предприятий (бизнес-единиц). При этом каждая Бизнес-единица может иметь самостоятельную организационную структуру, т.е. иерархию структурных подразделений или внутренних бизнес-единиц. В структуру могут входить и независимые бизнес-единицы.
Для каждой бизнес-единицы настраивается ее информационное пространство: документооборот, справочники и классификаторы, определяются пользователи и группы пользователей, распределяются права доступа и настраиваются пользовательские интерфейсы. В корпоративной системе обеспечивается возможность работы с любым количеством аналитических справочников. В системе обычно используются в обязательном порядке (следовательно и настраиваются) такие справочники как субъекты учета (юридические и физические лица), объекты учета (основные средства, материальные средства, нематериальные активы), центры затрат (заказы, партии), статьи затрат. Под специфику предприятия могут настраиваться также произвольные пользовательские справочники.

Для каждой бизнес-единицы системы настраивается уровень доступа пользователей к информации. Возможна организация работы нескольких бизнес-единиц системы с общими нормативно-справочными данными.

Для каждой подсистемы допускается создание произвольного количества автоматизированных рабочих мест (АРМ) пользователя. Каждое такое место может иметь собственную настройку меню и панелей инструментов. Таким образом, для каждого пользователя или группы пользователей может быть настроен интерфейс, соответствующий функциональным обязанностям и полномочиям, и при этом каждый пользователь может вызывать настроенные для него функции системы только с заданными для него же параметрами.